Entre los años 2002 y 2003, la Fundación Carlos de Amberes en colaboración con la Universidad de Alcalá ha llevado a cabo dos proyectos de investigación en Humanidades financiados por la Dirección General de Investigación de la Consejería de Educación de la Comunidad de Madrid, sobre Madrid, un espacio cortesano de confluencia plurinacional. Flamencos en la Corte Regia (1598-1648), y sobre Madrid y Bruselas. Patronazgo y relaciones de corte en los reinados de Felipe III y Felipe IV.

Otro proyecto de investigación adscrito al convenio de colaboración que la Fundación Carlos de Amberes está desarrollando con el Cabildo Insular de La Palma sobre: El legado artístico de los hacendados flamencos en la Isla de La Palma en el siglo XVI, se ha materializado en 2003 en la celebración de una reunión de expertos procedentes de Bélgica y Portugal.